1988-1997 提升教學 精益求精

77學年度，奉准設立中國醫藥研究所博士班。

78學年度，奉准設立藥物化學研究所博士班、環境醫學研究所碩士班及營養學系。

民國79年7月15日，互助大樓落成啟用，共地下2層、地上10層，巍峨壯麗。9月奉准設立復健醫學系。

民國81年2月，本校呈請教育部建請法務部舉辦中部地區成立「教學遺體中心」可行性研討會，經與會人士充分討論後，由高檢署轉報法務部，6月26日正式成立「中部地區遺體處理中心」，使本校大體解剖教學遺體免於匱乏之虞。6月動工興建基礎醫學大樓，計地下1層，地上6層，原基礎醫學大樓移作台中附設醫院第三醫療大樓興建之用。11月20日本校承辦第七回國際東洋醫學會，為期四天，中外嘉賓雲集，大會開幕式中正式宣布「立夫中醫藥學術獎」之設立，是中醫藥發展史上重要一頁。

81學年度，奉准設立中國醫學研究所博士班、中國藥學研究所博士班、基礎醫學研究所碩士班及學士後中醫學系增設一班。

民國82年9月，基礎醫學大樓竣工啟用。藥學系分設藥學組、中藥學組，改為四年制。

民國84年，基礎醫學研究所改名為醫學研究所，復健醫學系改名為物理治療學系。

民國85年4月，奉准設立職業安全與衛生學系。6月依據教育部推動「私立校院中程校務發展計畫」，呈報本校未來3年中程發展計畫。7月底陳梅生校長任期屆滿退休，6月即依新頒大學法，由董事會通過組成校長遴選委員會，選出校友郭盛助博士接任校長，8月1日正式接掌視事，為達人事公平、公正、公開的原則，依教育部規定建立各級教師評審委員會，本校教師人事案悉依規定採二級評審制度。12月成立中程校務發展計畫執行管考委員會，追蹤考核計畫執行成效，並擬訂新年度中程校務發展計畫。

民國86年1月，修訂系所主管遴選辦法，嚴格實施主管任期制度。3月成立校務發展募款委員會，勸募學校發展基金。9月與慈濟醫學院簽訂建教合作合約，開闢解剖實習用之大體來源。 10月21日中央暨教學大樓(現立夫教學大樓)第一期工程開工興建，計有地下3層、地上15層。

民國87年3月，全面實施學術網路電腦化，學生語音選課及簡化註冊流程等措施，5月成立校友聯絡及就業輔導組，積極推動校友連絡和就業輔導事宜。

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